Olá, Anderson, tudo bem?

Para atualizar as variáveis e o desenho não será necessário criar um looping do zero, isso porque a função draw(), é uma função pré-pronta que vem na biblioteca do p5.js e que faz esse papel de renderizar os elementos infinitamente até que haja uma função que faça ele parar(que no nosso caso é o pause). Isso reforça o quanto é importante chamarmos as nossas funções responsáveis por essas atualizações dentro da função draw().

Quanto a ordem das nossas funções, elas podem ser chamadas de qualquer parte do programa quantas vezes desejarmos, portanto, a ordem não influenciará no funcionamento. No entanto, é recomendável seguir uma lógica de ordem de complexidade(da menor para a maior, de cima para baixo, respectivamente), para uma leitura de código fluída.

Caso esteja se referindo os protótipos a funções já prontas que vem no p5, ela nos ajuda a poupar o trabalho de fazer funcionalidades que já são comumente utilizadas. Mas nem sempre haverá funções que irão fazer a funcionalidade que queremos, por isso, teremos que criá-las, que foi o caso do nosso jogo.

Espero ter ajudado.

Reforço que estou à disposição para tirar dúvidas.

Abraços.