Oi Felippe, muito bem observado. A melhor referência para SEO de sites internacionalizados é do próprio Google: https://support.google.com/webmasters/answer/182192?hl=en
Mas vou tentar dar uma resumida aqui pra você. Basicamente o problema acontece da exata forma que você citou. Então, como resolver?
Muitos sites usam endereços diferentes para idiomas diferentes:
Por exemplo, a Dell faz com que cada domínio (.com, .com.br, .com.au, .ca, etc) responda com o idioma adequado. Assim, cada um desses sites vai ser indexado de forma independente.
Outros sites usam uma estrutura de subdiretórios na URL, como a Alitalia: https://beta.alitalia.com/en_us. Se você troca para italiano, ele vira https://beta.alitalia.com/it_it.
Ambas as estratégias resolvem o problema e fazem o site ser indexado em cada um dos idiomas.
Mas vale uma lida no link que passei, que é mega completo e detalhado.