Dúvida sobre a Função.

Ola Gabriel! Boa tarde!

Na verdade ele nao sobe de posicao, mas o que ele vai fazer eh comparar o valor de um atributo com o outro utilizando alguma regra, neste caso a regra eh o valor da nota.

entao se:

1. a nota do array[0] > nota do array[1] ele vai devolver um valor maior que 0
2. a nota do array[0] < nota do array[1] ele vai devolver um valor menor que 0
3. a nota do array[0] = nota do array[1] ele vai devolver um valor igual 0

e por baixo dos panos, se eu nao me engano, o PHP vai utilizar esses valores junto com um algoritimo chamado Quicksort recomendo bastante a leitura, para determinar a posicao do objeto (neste caso um array)

Se quiser saber mais sobre a implementacao do metodo sort, segue trecho da documentacao do metodo sort do PHP

Original:
Note: Like most PHP sorting functions, sort() uses an implementation of » Quicksort.
The pivot is chosen in the middle of the partition resulting in an optimal time for already sorted arrays. 
This is however an implementation detail you shouldn't rely on.
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PT-BR
Nota: Como a maioria das funções de classificação do PHP, sort() usa uma implementação de » Quicksort. 
O pivô é escolhido no meio da partição resultando em um tempo ideal para arrays já classificados. 
No entanto, este é um detalhe de implementação no qual você não deve confiar.