Olá Edson, tudo bem?

Para resolver o seu problema, você pode criar um método na classe Café que subtraia as sacas e quilos recebidos como parâmetro. Esse método pode ser chamado a partir da classe Junção, passando os valores selecionados.

Por exemplo, na classe Café, você pode criar um método como este:

public void subtrairSacasQuilos(int sacas, int quilos) {
    this.sacas -= sacas;
    this.quilos -= quilos;
}

Na classe Junção, ao receber os lotes de café, você pode chamar esse método para subtrair as sacas e quilos correspondentes. Algo assim:

public void receberLotes(List<Café> lotes) {
    for (Café café : lotes) {
        café.subtrairSacasQuilos(café.getSacas(), café.getQuilos());
    }
}

Assim, ao receber os lotes de café na classe Junção, você pode chamar o método subtrairSacasQuilos da classe Café para atualizar os valores correspondentes.

Espero ter ajudado e bons estudos!

A solução era realmente simples né Matheus Brandino!

Muito obrigado!