Oi Poliana Marcondes Rizo eu editei seu tópico para visualizar seu código que não estava visível, para isso eu cliquei no campo acima <>INSERIR CÓDIGO e envolvi o código fonte que você postou entras as aspas.
Essa ordem de execução não necessariamente representa um erro, cada navegador pode ter implementações de renderização de páginas diferentes para um arquivo html, aqui no meu navegador(Chrome 76) por exemplo se eu trocar para uma outra aba ele processa as informações no corpo do documento e o alerta continua lá esperando ser clicado.
O mais importante por enquanto é que você entenda:
// Aqui você declara a função pulalinha
function pulalinha() {
alert("Olá")
document.write("<br><br>")
}; // Aqui não necessita de ponto e virgula
var filhaGi= 38 //aqui eu tenho ponto e virgula
var filhaLa= 32 //aqui ;
var filhaLu= 37 // aqui ;
var media= (filhaGi+filhaLa+filhaLu)/3 //;
document.write("A média dos filhos são = " + Math.round(media)); //Aqui eu mostro no navegador o resultado da média.
pulalinha(); //Aqui eu chamo a função pulalinha
document.write("A soma dos filhos são = " + (filhaLa+filhaGi+filhaLu)); //Aqui eu escrevo no html o resultado da soma das idades dos filhos
pulalinha() //Aqui faltou novamente ; e eu chamo a função pulalinha novamente
</script>
Essa dúvida é natural no começo do aprendizado sobre em que mundo estamos, se no HTML, se no Javascript, e você vai eliminando com o tempo, não esqueça os ponto e vírgulas das instruções, e entenda que primeiro eu declaro minhas funções e depois as chamo após a execução dessa função o programa retorna para linha seguinte de onde foi chamada, continuando ou não a execução.
O que está entre as tags <script>
é javascript mas eu posso desse mundo escrever lá no meu documento html, como acontece com o document.write, e o navegador pode determinar o que ele irá renderizar primeiro se o document ou alert para otimizar o carregamento da página.
Bom é isso eu espero ter ajudado e bons estudos.