Rafael, tudo bom?

Pensando que isso é um exercício simples, você vai cadastrar os funcionários (objetos) em um array. Depois vai iterar esse array somando os valores dos salários de cada funcionário (funcionario[indice].salario).

Espero ter ajudado!

package principal;

import java.util.Scanner;


import modelo.Funcionario;

public class FuncionariosCadastro {
    public static void menu() {
        System.out.println("\n***Cadastro de Clientes ***\n");
        System.out.println("1 - Cadastro");
        System.out.println("2 - Busca cliente");
        System.out.println("3 - Exibir dados");
        System.out.println("4 - Sair");
        System.out.println("\n Informe sua opção:");

}




    public static void main(String[] args) {
        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        Funcionario[] cadastro = new Funcionario[50];
        int op=6, qtd=0;


        do {
            menu();
            op = sc.nextInt();
            switch(op) {
            case 1:{
                if(qtd<50) {
                    cadastro[qtd] = new Funcionario();
                    System.out.println("Salario: ");
                    cadastro[qtd].setSalario(sc.nextFloat());
                    sc.nextLine();
                    System.out.println("Nome: ");
                    cadastro[qtd].setNome(sc.nextLine());
                    sc.nextLine();
                    System.out.println("CPF: ");
                    cadastro[qtd].setCpf(sc.nextLine());
                    sc.nextLine();
                    System.out.println("Ano: ");
                    cadastro[qtd].setAno(sc.nextInt());
                    sc.nextLine();
                    qtd++;



                    qtd++;
                }
                else {
                    System.out.println("Limite de Funcionarios!!!");
                }
                break;
            }
            case 2:{
                if(qtd>0) {
                String n; boolean achou=false;
                System.out.println("Informe o nome desejado : ");
                n = sc.nextLine();

                for(int i=0;i<qtd;i++) {
                    if(cadastro[i].verificaNome(n)) {
                        System.out.println("Funcionario existente!");
                        achou = true;
                        break;
                    }

                }
                if(achou==false) {
                    System.out.println("O funcionario não foi encontrado!");
                }
                }
                else 
                    System.out.println("Não há funcionario cadastrado");
                break;
            }
              case 3:{



                  }



              case 4:{
                  if(qtd>0) {
                      System.out.println("\nFuncionario\n");
                      for(int i=0; i<qtd; i++) {
                          System.out.println(cadastro[i]);

              }
                  }
                  break;
              }
              case 5:{

              }
             case 6:{
                 System.out.println("Finalizando ...");
                 break;
             }
             default:{
                 System.out.println("Opção Invalida");
             }

    }

        }while(op!=4);


}

    }

Estou fazendo dessa forma, como um menu mesmo onde é possivel passar as informações . Falta calcular o salario do funcionario e obter o gasto mensal da empresa.