Fala, Matheus, tudo bom?
Então, o JavaScript da Unity nem é JavaScript puro puro né, é como se fosse uma abstração do JavaScript tanto que eles mudaram o nome pra UnityScript depois.
Mas na verdade tudo que você faz em uma pode ser feita na outra só que pelo C# ser uma linguagem orientada a objetos você tem algumas vantagens.
Por exemplo no UnityScript você não pode ter classes com valores genericos nem delegates ou eventos enquanto no C# você tem isso.
Mas como o UnityScript foi criado pelo Unity você tem algumas vantagens também.
Mas a moral é que como os programadores de games vieram inicialmente de outras áreas como desenvolvimento de sistemas, etc. C# parece uma linguagem mais próxima do que você encontraria e aparenta ser mais "profissional" (até porque você mesmo que na Unity está aprendendo uma linguagem que pode ser usada pra desenvolver outras aplicações não só jogos, enquanto no UnityScript você não sente tanto esse aprendizado).
Mas não tome minha palavra como verdade também clique aqui para ler um artigo da Unity onde eles falam que 85.4% dos projetos são desenvolvidos totalmente com C# então em algum momento UnityScript vai morrer, logo é bom você ter aprendido C#.
Desculpe o texto comprido mas espero ter deixado claro nas diferenças e vantagens de cada uma.
Um abraço e bons estudos.