Na correção do código abaixo:
Correção:
Porém, no pop-up, a palavra "é" continua sem formatação.
Como corrigir?

Você está vendo a versão anterior da nova experiência da Alura que estamos preparando para você. Em breve, ela ganha uma identidade visual novinha totalmente pensada em potencializar seus estudos!
Na correção do código abaixo:
Correção:
Porém, no pop-up, a palavra "é" continua sem formatação.
Como corrigir?

Olá, Rafael! Como você está?
Desculpe a demora em respondê-lo mas vamos lá!
Você conseguiu solucionar o problema?
Realmente é um pouco estranho porque normalmente o UTF-8 já resolve o problema na maioria dos navegadores.
Precisamos lembrar que para o código funcionar é necessário manter o navegador atualizado e:
Caso os passos não tenham surtido o efeito desejado, há uma tabela com vários códigos que substituem os acentos:
á = \u00e1
à = \u00e0
â = \u00e2
ã = \u00e3
ä = \u00e4
Á = \u00c1
À = \u00c0
 = \u00c2
à = \u00c3
Ä = \u00c4
é = \u00e9
è = \u00e8
ê = \u00ea
ê = \u00ea
É = \u00c9
È = \u00c8
Ê = \u00ca
Ë = \u00cb
í = \u00ed
ì = \u00ec
î = \u00ee
ï = \u00ef
Í = \u00cd
Ì = \u00cc
Î = \u00ce
Ï = \u00cf
ó = \u00f3
ò = \u00f2
ô = \u00f4
õ = \u00f5
ö = \u00f6
Ó = \u00d3
Ò = \u00d2
Ô = \u00d4
Õ = \u00d5
Ö = \u00d6
ú = \u00fa
ù = \u00f9
û = \u00fb
ü = \u00fc
Ú = \u00da
Ù = \u00d9
Û = \u00db
ç = \u00e7
Ç = \u00c7
ñ = \u00f1
Ñ = \u00d1
& = \u0026
‘ = \u0027
Para funcionar você precisa substituir as letras com acentos pelos códigos, por exemplo:
//Entrada
alert("Este \u00e9 um popup feito com JavaScript");
//Saída
alert("Este é um popup feito com JavaScript ");
No entanto esse processo dá uma baita trabalheira e não é muito recomendável :D
Espero que as informações tenham ajudado, fico à disposição!
Um abraço e bons estudos!