Fiz de forma diferente.

tentei colocar as cores dentro de um array

var corAtual = ["blue", "green", "red"]

e como resultado do if de colisão colocava corAtual = [0] ou qualquer um outro e não funcionava, por isso optei em deixar dessa forma.

se alguém conseguir me explicar o porque não foi, desde já obrigado.

<meta charset="UTF-8">

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

    function desenhaQuadrado(x, y, tamanho, cor) {

        pincel.fillStyle = cor;
        pincel.fillRect(x, y, tamanho, tamanho)
        pincel.fill();
    }

    function desenhaCirculo(x, y, raio, corAtual) {

        pincel.fillStyle = corAtual;
        pincel.beginPath();
        pincel.arc(x, y, raio, 0, 2 * 3.14);
        pincel.fill();

    }

    function desenhaPaletaDeCores() {

        desenhaQuadrado(xVermelho, yQuadrados, tamanhoQuadrados, 'red');
        desenhaQuadrado(xVerde, yQuadrados, tamanhoQuadrados, 'green');
        desenhaQuadrado(xAzul, yQuadrados, tamanhoQuadrados, 'blue');

    }

    function lidaComMovimentoDoMouse(evento) {



        x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
        y = evento.pageY - tela.offsetTop;


        if((x >= 0) && (x <= 150) && (y >= 0) && (y <= 50)){
            desenha = false;


        }if(desenha) {

            desenhaCirculo(x, y, 5, corAtual);
        } 
    }

    function habilitaDesenhar() {

        desenha = true;
    }

    function desabilitaDesenhar() {

        desenha = false;
    }


    function selecionaCor() {





        if((x >= 0) && (x <= 50) && (y >= 0) && (y <= 50)) {
            corAtual = "red"


        }if((x >= 50) && (x <= 100) && (y >= 0) && (y <= 50)){
            corAtual = "green"

        }if((x >= 100) && (x <= 150) && (y >= 0) && (y <= 50)){
            corAtual = "blue"


        }
    }




    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');
    pincel.fillStyle = 'lightgray';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    var desenha = false;
    var corAtual;
    var xVermelho = 0;
    var xVerde  = 50;
    var xAzul = 100;
    var yQuadrados = 0;
    var tamanhoQuadrados = 50;
    var x;
    var y;

    desenhaPaletaDeCores(); // mostra os quadrados de seleção de cores

    tela.onmousemove = lidaComMovimentoDoMouse;

    tela.onmousedown = habilitaDesenhar;

    tela.onmouseup = desabilitaDesenhar;

    tela.onclick = selecionaCor;


</script>