João,
Você pode tentar algumas abordagens diferentes.
Exemplo:
<input id="input1" value="valor 1">
<input id="input2" value="valor 2">
<script>
var input1 = document.getElementById("input1");
var input2 = document.getElementById("input2");
console.log(input1.value); // input 1 - retorna "valor 1"
console.log(input2.value); // input 2 - retorna "valor 2"
</script>
Também pode usar o querySelectorAll (como Cristiano demonstrou acima), ele vai retornar uma lista (array) de inputs e usando o index (identificador sequencial do item da lista) você pode acessa-los; Veja outro exemplo:
<input value="valor 1">
<input value="valor 2">
<script>
var inputs = document.querySelectorAll("input");
console.log(inputs[0].value); // input 1 - retorna "valor 1"
console.log(inputs[1].value); // input 2 - retorna "valor 2"
</script>