Oi, Juan, tudo bem?
A Blend Tree funciona bem como uma transição de animação mesmo e é interessante quando você quer transitar por varias animações. Exemplo: você pode ter 6 animações do seu personagem e dependendo do jeito que você usa o Gamepad pra movimentá-lo você transita entre elas tendo andando devagar, virando, virando muito rápido, etc.
Isso seria um caso de uso de Blend Tree, dá pra fazer com Layer? Até dá mas você vai ter que lidar com ela bastante pelo código ao invés de passar só um valor e deixar o Mecanim trabalhar a seu favor.
Use Layers quando você quer adicionar um pedaço de uma animação em outra ou substituir uma parte da animação ou até mesmo organizar melhor pedaços da animação, exemplo: personagem andando e suas transições ficam numa Layer, animações do personagem dentro do carro ficam em outra Layer, animações do personagem andando a cavalo ficam em outra Layer, etc...
O que você falou já era correto e já tinha entendido mas achei legal dar uma resposta mais longa pra ficar de referência aqui no forum :)