Escolher um nome diferente de $id para o atributo de id de uma entidade ocasiona o erro, citado no título acima, ao executar o migrations:diff.
Tanto na versão 2.3 quanto na versão 3.0.1, o Doctrine Migrations só reconhece o atributo $id das entidades se o nome do atributo for $id, mesmo possuindo annotation em cima deste atributo.
No meu caso, eu quis escrever os nomes dos atributos em inglês e decidi que o nome do atributo seria $studentId, ao invés de apenas $id, o que ocasionou o erro. Mudar para $id soluciona o problema.