Fala Vinicius, tudo certo?
No desafio para implementar o RepositorioDoAlunoComDoctrine, precisa ser feito o mapeamento das entidades. No caso de mapear Aluno com Telefones, seria uma mapeamento OneToMany para atender o relacionamento (um aluno tem um ou mais telefones).
Para o caso de um relacionamento OneToMany seguindo a documentação tem que ser bidirecional (https://www.doctrine-project.org/projects/doctrine-orm/en/2.8/reference/association-mapping.html#one-to-many-bidirectional) a menos que seja uma usada uma tabela intermediaria. No relacionamento precisa ser informado (mapped by) o atributo da classe filha que serve para o relacionmento.
No caso seria o CPF quem define esse relacionamento, mas esse atributo não foi incluído na classe de domínio Telefone, somente na tabela de Telefones em banco de dados.
Como você vê isso em termos de Clean Arquitecture?
Obrigado,
Carlos Ruesta