Criar jar executável com dependências (dll's e jar's) empacotados

Olá Thiago tudo bem?

Como você está fazendo para buscar as dll's ?

Achei uma solução.

Para empacotar (para quem não sabe) arquivos dentro de um jar, sejam outras jar's, dll's ou qualquer outro arquivo, primeiramente, estes devem estar na pasta src/main/resources.

Depois deve ser informado no pom.xml quais arquivos desta pasta devem ser empacotados, através da tag resources:

<resources>
        <resource>
            <directory>caminho dos arquivos no projeto</resource>
            <targetPath>caminho dos arquivos no jar empacotado</tagetPath>
        </resource>            
</resources>

Para desempacotar as dll's em determinada pasta, usei uma classe utilitária de terceiros que extrai as dll's na pasta temporária do sistema. Exemplo de uso:

public class HelloJNI {  
    static {   
        try {    
            NativeUtils.loadLibraryFromJar("/resources/libHelloJNI.dll");   
        } catch (IOException e) {
            // This is probably not the best way to handle exception :-)    
            e.printStackTrace();
        }    
    }  

    public native void hello();    
}

Mais informações sobre a classe utilitária: https://github.com/adamheinrich/native-utils

Grato.