Olá Gabriel, tudo bem?
O seu código está ficando assim porque você precisa ajustar o flex-direction do .cabecalhoPrincipal-nav também:
.cabecalhoPrincipal-nav {
    flex-direction: column;
}
Perceba que nos temos 2 elementos pai que recebe o display flex, o .cabecalhoPrincipal .container que como filho tem 2 elementos (titulo e nav) e o cabecalhoPrincipal-nav que como filho tem 5 links. 
Os dois precisam ser ajustados para a direção de coluna.
<header class="cabecalhoPrincipal">
    <div class="container">
        <h1 class="cabecalhoPrincipal-titulo">
            <a href="#">Alurinha</a>
        </h1>
        <nav class="cabecalhoPrincipal-nav">
            <a class="cabecalhoPrincipal-nav-link" href="#">Home</a>
            <a class="cabecalhoPrincipal-nav-link" href="#">Cursos</a>
            <a class="cabecalhoPrincipal-nav-link" href="#">Sobre nós</a>
            <a class="cabecalhoPrincipal-nav-link" href="#">Contato</a>
            <a class="cabecalhoPrincipal-nav-link cabecalhoPrincipal-nav-link-app" href="#">Nosso APP</a>
        </nav>
    </div>
</header>
Espero ter ajudado. Forte abraço!