Como acontece por debaixo dos panos?

Gostaria de entender como que no código da aula o EF está identificando o que é pra ser PK e o que é para ser FK. Não ficou nenhum pouco explícito como isso ocorre durante a aula.

public class Compra
    {
        public int Id { get; set; }
        public int Quantidade { get; internal set; }
        public int ProdutoId { get; set; }      
        public Produto Produto { get; internal set; }
        public double Preco { get; set; }
    }

E por que o Add-Migration ignorou a propriedade public Produto Produto { get; internal set; } na hora de gerar o time-stamp da migration:

migrationBuilder.CreateTable(
                name: "Compras",
                columns: table => new
                {
                    Id = table.Column<int>(nullable: false)
                        .Annotation("SqlServer:ValueGenerationStrategy", SqlServerValueGenerationStrategy.IdentityColumn),
                    Preco = table.Column<double>(nullable: false),
                    ProdutoId = table.Column<int>(nullable: false),
                    Quantidade = table.Column<int>(nullable: false)
                },