Oi John!
Normalmente o que o Spring e o Hibernate vão virar dependências do seu projeto, que ficarão no pom.xml
.
O archetype é uma forma de você ter templates pra quando você criar o projeto Maven ele já vir com algumas configurações e código inicial.
O Spring MVC (desconsiderando o spring boot) por exemplo exige uma configuração inicial. Se você usa um archetype
pra ele, ele além de já criar um pom.xml
com as dependências necessárias, criará algumas classes com a configuração.
Isso em alguns casos, evita você ter que configurar dependências, estrutura de pastas se for o caso, etc.
No cenário que você falou realmente teria que usar só um archetypeArtifactId mesmo, já que ele define a estrutura do projeto. Mas neste caso, o hibernate é só uma biblioteca que não vai mexer com a estrutura do projeto em si, então poderia usar o archetype do spring mesmo!
Se ficar alguma dúvida e só avisar. Abraço!