Opa bom dia chefe! Beleza?
Então, o Bootstrap se trata de uma ferramenta de criação (um framework), portanto ele possui diversas classes prontas e componentes prontos para funcionar!
Sua primeira pergunta a resposta é a seguinte:
Quando você escolhe utilizar um componente do Bootstrap como uma navbar, um card de imagens, um formulário, as classes que vem neste componentes são responsáveis pela estilização DAQUELE componente do Bootstrap, ou seja, se você retirá-las você perde a estilização do bootstrap e terá que fazer na mão :(
Sobre você trocar a estilização do CSS, eu recomendo não mexer nos arquivos de estilização do proprio bootstrap! Se você quer estilizar algum componente, você deve criar um novo arquivo CSS (com qualquer nome que você quiser, igual um arquivo normal mesmo), linkar no HTML e por este arquivo estilizar suas classes!
Para estilizar a o componente "navbar" do bootstrap por exemplo você faria o seguinte:
Primeiro escolha o código que melhor se encaixa no que você quer criar! O Bootstrap tem alguns modelos pré prontos e você pode escolher o que você quer ou o mais próximo do que quer
<nav class="navbar navbar-expand-lg navbar-light bg-light">
<a class="navbar-brand" href="#">Navbar</a>
<button class="navbar-toggler" type="button" data-toggle="collapse" data-target="#navbarNav" aria-controls="navbarNav" aria-expanded="false" aria-label="Toggle navigation">
<span class="navbar-toggler-icon"></span>
</button>
<div class="collapse navbar-collapse" id="navbarNav">
<ul class="navbar-nav">
<li class="nav-item active">
<a class="nav-link" href="#">Home <span class="sr-only">(current)</span></a>
</li>
<li class="nav-item">
<a class="nav-link" href="#">Features</a>
</li>
<li class="nav-item">
<a class="nav-link" href="#">Pricing</a>
</li>
<li class="nav-item">
<a class="nav-link disabled" href="#" tabindex="-1" aria-disabled="true">Disabled</a>
</li>
</ul>
</div>
</nav>
Você vai notar que a cor desta navbar é meio cinza claro e os links são meio preto claro! As classe responsável por esta estização são esssas navbar-light bg-light
. Para descobrir isto você pode dar um inspecionar elemento em cima da navbar e procurar no cantinho o que cada classe faz (ou fazer o que fez, entrar no arquivo navbar.scss e descobrir como é o estilo).
Feito isso, digamos que você queira que esta cor de fundo seja laranja. Você terá que REMOVER essas classes da tag <nav>
e adicionar uma classe SUA para estilizar no arquivo css que criou!
HTML
<nav class="navbar navbar-expand-lg MINHA-CLASSE-ESTILIZADA">
...
</nav>
CSS
.MINHA-CLASSE-ESTILIZADA{
background-color: orange;
}
Já respondendo sua segunda questão, você coloca mais de uma classe exatamente como falou <div class="classe1 classe 2 class3 classe4 classe classe1000>AAAA
Por fim, não tem como saber só de olhar o que cada classe do bootstrap faz (pois são milhares de classes fazendo alguma coisa) mas se você tiver com tempo para entender mais sobre isso eu recomendo que use o inspecionar elemento e vá olhando no elemento o que cada classe faz. Tem um curso aqui na Alura sobre "Landing Page com Bootstrap" que a professora estiliza uma página feita com Bootstrap através de um CSS próprio, vale a pena dar uma conferida pois pode ser de grande ajuda pra ti!
https://cursos.alura.com.br/course/bootstrap-landing-page
E não menos importante, o Bootstrap é uma ferramenta que utiliza CSS, HTML, JAVASCRIPT e JQUERY para funcionar. Tudo que tem lá você consegue criar manualmente escrevendo seu próprio código, ou seja, pode utilizá-lo ou não! A ideia é deixar mais rápido e simples a criação de páginas; porém, se assim como eu você gosta de fazer umas firulas no CSS, dar uns movimentos mais interessantes ao seu site recomendo que você crie seu próprio componente no HTML e estilize na mão no CSS, pois em alguns casos é melhor criar seu próprio elemento ao invés de estilizar o do Bootstrap :D
Espero ter ajudado! No fórum é complicado responder TUUUUDO mas pode perguntar que enquanto eu tiver respostas tento ajudar :D