Fala Adriel, tudo bem? Espero que sim!

Você deve utilizar uma tag nav nos elementos que forem para navegação do usuario na página, como por exemplo um menu, não precisa ser utilizada somente no header, pode ser utilizada em outros locais da página sem problemas. Para não causar conflito no css você deve utilizar classes ou ids, que é o recomendado a se fazer sempre que for estilizar algum elemento, não seleciona-lo pela tag e sim por classe ou id. E respondendo a sua ultima dúvida, a vantagem de utilizar classes ou ids é que você pode selecionar um elemento especifico, se você selecionar por tag, você pode acabar estilizando mais de um elemento com a mesma tag, sendo que você não queria isso.

Você pode dar uma olhada na documentação sobre seletores css.

Uma dica, sempre que for postar alguma tag ou pedaço de çodigo aqui no fórum, utilize crases em volta, como por exemplo, para trechos de código pequeno como uma tag, utilize uma crase em volta:

Resultado:

Aqui temos uma <tag> de exemplo

Para códigos grandes utilize três crases ao redor:

Resultado:

seu código grande aqui

Espero ter ajudado, abraços e bons estudos :D