Solucionado
Pelo o que eu entendi, toda vez que tivermos uma divisão de conteúdo (molécula) que contenha vários elementos (átomos) por questões de boas práticas e organização de código no CSS, é melhor criarmos arquivos CSS para colocarmos tais divisões e criarmos pastas para as divisões em si. Quero saber se entendi bem o que foi ensinado. Era isso que o professor quis passar?
Olá Lucas, como vai? Bom vamos lá. Respondendo sua pergunta, na minha opinião, o que eu entendi sobre o que o professor quis passar no curso é que as divisões obviamente são muito importantes para deixar o seu código mais organizado e de fácil manutenção, facilitando para o próximo desenvolvedor que for pegar no seu código. Dizendo isso, quando queremos separar algo, como por exemplo, quando estou montando uma lista ou uma sessão para colocar aquele conteúdo específico no HTML, chamamos de “átomos”. Ou seja, tudo aquilo que for tags avulsas, como por exemplo, input, label e por aí vai. Já o termo “molécula”, se refere a tudo aquilo que é junção dos “átomos”. Voltando ao exemplo da lista, as tags irão se juntar formando um menu, depois se tornarão organismos que irão se tornar templates e por fim páginas. E do lado do CSS, existem várias maneiras de deixar suas pastas mais organizadas. No caso do atomic design podemos separar esses estilos em subpastas (no exemplo da lista), criando uma pasta para o menu, uma pasta somente para o banner, etc. Então dentro dela podemos colocar os arquivos com o nome (menu_lista, menu_item e menu_link) e assim por diante. Caso futuramente você queira implementar um código novo, basta simplesmente criar uma nova pasta e começar trabalhar. Espero que tenha feito sentido pra você.