Solucionado
Existe alguma maneira de serializarmos como fazemos em JPA, indicando quais são os atributos (em cadeia que serão serializados) ?
Exemplo vraptor:
Funcionario funcionario = dao.obtemFuncionario(5l);
result.use(Results.json()).withoutRoot().from(funcionario).include("chefe","chefe.centroDeCusto","dependentes","dependentes.beneficios").serialize();
Oi Rafael, até onde eu sei, não. O melhor jeito é vc criar uma nova classe, típico DTO, exatamente com as informações que vc quer serializar. Aí vc instancia e retorna esse objeto no método do seu resource do jax-rs.
É bem trabalhoso mas talvez seja a saída mais acertada para evitar problemas com minha api futura. De qualquer forma implementei um serializador JSON usando SerializationExclusionStrategy (olhei o código fonte do vraptor pra ver como faziam). Para aumentar minha produtividade, estou um tanto atarefado para fazer DTO para tudo o que preciso.