Olá Paulo. a resposta é "depende".
Depende, porque toda site ou aplicação deve conhecer quem é seu publico e determinar qual faixa e versões de navegadores deve suportar. Por exemplo, quando a Caelum decidiu não mais suportar o IE 8 ou IE9 foi porque a parcela de usuários com esses navegadores em seu site era ínfima. Contudo, pode ser que dependendo do seu público e negócio isso seja um cenário diferente e você tenha que suportá-los.
Apesar do suporte do ES6 estar quase completo nos navegadores atuais (Safari terá uma mega atualização), o problema do sistema de módulos não será resolvido tão cedo e o auxílio de um loader será necessário. Aliás, como você mesmo constatou, nem mesmo o Babel é capaz emular Proxy, sendo necessário um Polyfill. Além disso, ainda há browsers mobiles caducos espalhados pela internet.
Por fim, a maneira mais garantida e a future proof de trabalhar com os recursos mais atuais do ES6 é usar um transpiler. Alguns transpilers necessitam de algum polyfill para funcionares corretamente, vai depender de qual você escolheu.
Este curso de ES6 foi um dos mais pedidos pelos alunos do Alura. Se o conhecimento aprendido aqui será aplicado diretamente ou com transpiler, no browser ou no Node.js isso quem decidirá é o aluno. Independente do cenário, ele precisa saber ES6 (aliás, tem até concurso público que já pede isso em prova!).
Boa aula Paulo!