Oi Yuri, tudo bem? Existe uma resposta no Quora (um outro fórum bem popular) que responde exatamente isso: https://www.quora.com/What-is-the-pros-and-cons-of-using-Meteor
Resumidamente, o meteor oferece uma praticidade e agilidade bem rápida de se construir uma app e bem pouco tempo e tem suas próprias soluções para diversos problemas. È relativamente fácil de começar e terminar um projeto básico, porém, vale algumas observações.
Até onde vi, algumas dificuldades surgem quando você tenta utilizar algumas outras tecnologias que não estão no core, por exemplo, trocar o banco de dados para outro além do mongo.
Uma curiosidade que não é bem classificada são as mudanças que acontecem durante as versões, alguns classificam que as atualizações muito frequentes são desvantajosas muitas vezes por poderem quebrar alguma parte da aplicação. Outro acham benéfico por causa que demonstra que o projeto está evoluindo e trazendo mais novidades constantemente.
É verdade que são bem acoplados, o que, dependendo do caso, pode ser vantajoso ou não, vai depender do contexto e do tipo de app a ser criado. Acredito que você possa sim, consumir o backend do meteor com outra tecnologia, mas este seria um caso no mínimo estranho por que você tem outras tecnologías específicas para construção de APIs.
Em relação a popularidade, é bem verdade que o meteor não é tão famoso quanto o Angular ou React por exemplo por que estas outras duas tecnologias são um pouco mais flexíveis.
Infelizmente, eu não tenho exemplos de onde usar ou não. Neste caso, recomendo apenas que desenvolva estes tipos de SPAs na tecnologia que você se sente mais confortável. Procure avaliar também estabilidade da tecnologia.
Meteor pode ser prático e simples de começar e desenvolver uma app, porém, se você não entender bem como as coisas funcionam dentro da arquitetura dele, pode ser problemático resolver algumas questões. Isso exige um conhecimento muito bom não só em javascript, mas em padrões de projeto e arquitetura de software.