Oi, Matheus, tudo bem?
Como o curso é focado em Flexbox, então, pra otimizar o tempo e o aprendizado, a base do projeto já é preparada para não fugir do Flexbox.
Mas não necessariamente é assim a sequência. Você começa com a marcação no HTML, criando o esqueleto da página e vai criando os arquivos CSS a partir da sua estilização. Eu, por exemplo, contruo um protótipo do site primeiro, ele será a minha referência e base para o código. Depois parto para o HTML e alguns arquivos básico do CSS, como o reset.css que é para tirar alguns valores padrão de tag html. Conforme o meu HTML vai crescendo vai surgindo a necessidade dos arquivos CSS. E é sempre uma ida-e-vinda entre os códigos, quando você o constrói e analisa, depois percebe que pode mudar uma tag ou uma classe, e assim vai.
Não há uma única forma de fazer, há várias. Tem pessoas que utilizam métodos de organização do CSS, como o RSCSS, que é método, eu gosto dele e utilizo. Porém, é sempre um jogo casado entre HTML e CSS, vira e mexe, você tá mexendo nos dois e, até algumas vezes, ao mesmo tempo, rs.
Espero ter conseguido ser clara :}
Essa forma de construção de site vai ficar vísivel com o tempo de estudo e mão na massa.