Olá Yan,

Eu vi seu problema o que acontece é que você usa na função abaixo Colaborador.id, mas nesse caso o Colaborador é o nome do componente, isso está causando um erro

import { AiFillCloseCircle } from 'react-icons/ai'
import './Colaborador.css'

const Colaborador = ({ nome, imagem, cargo, corDeFundo, aoDeletar }) => {
    return (
        <div className='colaborador'>
            <AiFillCloseCircle
                size={25}
                className='deletar'
                onClick={() => aoDeletar(Colaborador.id)}
            />
            <div className='cabecalho' style={{ backgroundColor: corDeFundo }}>
                <img src={imagem} alt={nome} />
            </div>
            <div className='rodape'>
                <h4>{nome}</h4>
                <h5>{cargo}</h5>
            </div>
        </div>
    )
}

export default Colaborador

Uma sugestão pode ser as alterações abaixo

const Colaborador = ({ id, nome, imagem, cargo, corDeFundo, aoDeletar }) => {

onClick={() => aoDeletar(id)}

Fiz a alteração e não funcionou.

Aqui está meu código no Github para ter mais detalhes: https://github.com/yancarlo0202/organo