Oi André. Sou iniciante em programação, e estou no mesmo exercício que você, é sim possível fazer a contagem progressiva, no formato de horas, com o que você aprendeu até agora. O problema é que eu não li direito sua pergunta e achei que você queria uma contagem regressiva, mas no formato de hora:minuto:segundo.
Enfim, aqui o resultado pra não passar em branco (já que eu fiquei um tempão fazendo haha)
Primeiro  o html, aqui acho que não tem mistério:
<!DOCTYPE html>
<html lang="pt-br">
<head>
    <meta charset="UTF-8">
    <title>Contagem Regressiva</title>
</head>
<body>
    <h1>Contagem Regressiva</h1>
    <p class="frase">Clique no contador abaixo para iniciar</p>
    <p id="contador"><span id="horas">2</span>:<span id="minutos">0</span>:<span id="segundos">3</span></p>
    <script src="jquery.js"></script>
    <script src="contagem.js"></script>
</body>
</html>
Em seguida o script:
var horas = +$("#horas").text();
var minutos = +$("#minutos").text();
var segundos = +$("#segundos").text();
$("#contador").one("click", function(){
    var contadorID = setInterval(function(){
        if(horas == 0 && minutos == 0 && segundos == 0){
            clearInterval(contadorID);
            $('.frase').text('Contagem terminada')
        }else if(minutos == 0 && segundos ==0){
            horas--;
            $('#horas').text(horas);
            minutos += 59;
            $('#minutos').text(minutos);
            segundos += 59;
            $('#segundos').text(segundos);    
        }else if(segundos == 0){
            minutos--;
            $('#minutos').text(minutos);
            segundos += 59
            $('#segundos').text(segundos);    
        }else{
            segundos --;
            $('#segundos').text(segundos);
        }
    }, 1000);
});
Aqui eu coloquei condições para se modificarem os números em hierarquia, diminui se uma hora, adicionam se adicionam-se 59 minutos, diminui-se um minuto, adicionam-se 59 segundos . Para fazer uma contagem progressiva segue-se a mesma lógica, mas de maneira reversa, ou seja, faça o contador ir até 60, e depois aumente um minuto (e assim por diante).
Resolver os problemas de programação envolve pensamento criativo e lógica, as vezes vc fica muito tempo em um problema (assim como eu fiquei nesse haha), mas sempre tem uma solução.