Olá Vitor,
O MD5 não é o mais seguro e faz um bom tempo (isso se um dia realmente foi), porém podemos pensar por outro lado, utilizar o md5 é muito melhor do que não utilizar nada, guardar a senha de um login direto no banco sem criptografia seria realmente ainda pior, portanto, entre nada e md5 é melhor utilizar o md5. Mas você pode melhorar um pouco isso, talvez concatenando um token, embaralhando a senha e depois aplicar o md5, isso aumenta um pouco (bem pouco) a segurança, pela internet há várias formas de criar uma criptografia, isso é um estudo para anos e anos.
Bom essa é a minha opinião, espero que ela seja um pouco útil.