Instanciando todos os alunos da lista como id 0

Oi Francisco, será que vc não está esquecendo de setar o id do seu objeto? Esse código está no Dao, né?

ele esta criado no Aluno.java e segue abaixo a minha dao

public class AlunoDAO extends SQLiteOpenHelper {


    public AlunoDAO(Context context) {
        super(context, "Agenda", null, 1);
    }

    public void onCreate(SQLiteDatabase sqLiteDatabase) {
        String sql = "CREATE TABLE Alunos (" +
                "id INTERGER PRIMARY KEY," +
                "nome TEXT NOT NULL," +
                "endereco TEXT," +
                "telefone TEXT," +
                "site TEXT," +
                "nota REAL);";
        sqLiteDatabase.execSQL(sql);

    }

    public void onUpgrade(SQLiteDatabase sqLiteDatabase, int oldVersion, int newVersion) {
        String sql = "DROP TABLE IF EXISTS Alunos";
        sqLiteDatabase.execSQL(sql);
        onCreate(sqLiteDatabase);
    }

    public void insere(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        ContentValues dados = new ContentValues();
        dados.put("nome", aluno.getNome());
        dados.put("endereco", aluno.getEndereco());
        dados.put("telefone", aluno.getTelefone());
        dados.put("site", aluno.getSite());
        dados.put("nota", aluno.getNota());

        db.insert("Alunos", null, dados);
    }

    public List<Aluno> buscaAlunos() {
        String sql = "SELECT * FROM Alunos;";
        SQLiteDatabase db = getReadableDatabase();
        Cursor c = db.rawQuery(sql, null);

        List<Aluno> alunos = new ArrayList<Aluno>();
        while (c.moveToNext()) {
            Aluno aluno = new Aluno();
            aluno.setId(c.getLong(c.getColumnIndex("id")));
            aluno.setNome(c.getString(c.getColumnIndex("nome")));
            aluno.setEndereco(c.getString(c.getColumnIndex("endereco")));
            aluno.setTelefone(c.getString(c.getColumnIndex("telefone")));
            aluno.setSite(c.getString(c.getColumnIndex("site")));
            aluno.setNota(c.getDouble(c.getColumnIndex("nota")));

            alunos.add(aluno);
        }
        c.close();
        return alunos;

    }
}

Houve um problema na criação da sua tabela, veja:

id INTERGER PRIMARY KEY

O tipo da coluna id deveria ser INTEGER PRIMARY KEY para que seus ids fossem autoincrement.

Basta corrigir e mudar a versão do seu banco para 2, em:

    public AlunoDAO(Context context) {
        super(context, "Agenda", null, 2);
    }