Oi Raissa,
Sím, é possível flexibilizar. Imagina que a técnica é uma norte, um molde e você faz os ajustes para adaptá-la a uma realidade que funcione para você.
Sobre as pausas, sinceramente acredito que a melhor maneira de não causar a impressão de estar "perdendo tempo" é manter a produtividade sempre em alta, fazendo boas entregas, com qualidade.
Dentro da organização existem diferentes perfis, inclusive de líderes. Vai ter aquele que valoriza o profissional que é o primeiro a chegar e o último a sair, independente da qualidade da produtividade e aquele líder que valoriza mais as qualidades das entrega, ainda que o profissional não faça uma longa jornada de trabalho. Sendo assim, fica difícil definir o que fazer para contornar essa situação.
Por isso digo que as entregas realizadas constantemente com alto nível de qualidade seja a melhor maneira de conquistarmos este respaldo. E até mesmo explicar, caso alguém lance um olhar duvidoso (que diz: pausa de novo?) que você está experimentando uma técnica para melhorar a sua produtividade. Se você acha que fazer a pausa maior pode trazer prejuízos, diminua, mas aproprie-se do seu feito.
Espero ter ajudado. ^^