Flex order

Boa noite, Vitor!

Testei o trecho de código que você compartilhou e para mim o order está funcionando. Verifique se o display flex dentro do seletor .cabecalhoPrincipal-nav está sendo aplicado corretamente, dessa forma:

.cabecalhoPrincipal-nav {
    display: flex;
}

Se isso não resolver, você poderia disponibilizar o restante do código css pra gente dar uma olhada? ;)

Abraços,

Botando depois @media o display: flex nesse seletor funcionou. Segue abaixo a parte acima para entender de onde vem o problema:

body {
    background-color: #F2F5F7;
    font-family: 'Open Sans',Arial,sans-serif;
}

.container {
    width: 94%;
    margin: 0 auto;
}

.cabecalhoPrincipal {
    background-color: #FFF;
    padding: 20px 0;
}

.cabecalhoPrincipal-titulo {
    font-weight: bold;
    font-size: 2em;
    margin-bottom: 20px;
}

.cabecalhoPrincipal-titulo a {
    text-decoration: none;
    color: inherit;
}

.cabecalhoPrincipal-nav-link {
    padding: 10px;
    margin-bottom: 10px;
    color: #9799A6;
    background-color: #FFF;
    text-decoration: none;
    transition: .5s;
    display: block;

    border-bottom: 1px solid #9799A6;
}

.conteudoPrincipal {
    margin-top: 20px;
    margin-bottom: 20px;
}

.subtitulo {
    font-weight: bold;
    font-size: 32px;
    margin-bottom: 10px;
    text-align: center;
}

.conteudoPrincipal-cursos-link {
    height: 100px;
    background-color: #FFF;
    text-align: center;
    margin: 1%;
    transition: .3s;
    box-shadow: 2px 2px 2px #CCC;
    position: relative;
}

.conteudoPrincipal-cursos-link a {
    text-decoration: none;
    color: #000;
    font-weight: bold;
    display: block;
    width: 100%;
    height: 100%;
    position: absolute;
    top: 0;
    left: 0;
}

.conteudoPrincipal-cursos-link:hover {
    box-shadow: 4px 4px 4px #CCC;
}

.conteudoPrincipal-cursos-link a:before {
    content: '';
    display: block;
    width: 50px;
    height: 50px;
    margin: 10px auto;
}

.conteudoPrincipal-cursos-link:nth-child(even) a:before {
    background: url(../img/background1.svg) no-repeat;    
}

.conteudoPrincipal-cursos-link:nth-child(odd) a:before {
    background: url(../img/background2.svg) no-repeat;
}


.rodapePrincipal {
    background-color: #324C64;
    padding-top: 20px;
}

.rodapePrincipal .subtitulo {
    color: #FFF;
}

.rodapePrincipal-navMap-link {
    text-decoration: none;
    color: #FFF;
    margin-top: 10px;
}

.rodapePrincipal-navMap-link {
    font-size: .9em;
}

.navmap-list-title {
    font-weight: 700;
    font-size: 1.3em;
    margin: .9em 0;
    padding-left: .3em;
    padding-top: .2em;
    padding-bottom: .2em;
}

.navmap-list-title + .rodapePrincipal-navMap-link {
    margin-top: 0;
}

.navmap-list-title-bancoDeDados { color: #EC6E5A; border-left: 4px solid #EC6E5A; }
.navmap-list-title-framework { color: #AD85BF; border-left: 4px solid #AD85BF; }
.navmap-list-title-frontend { color: #5EC6F3; border-left: 4px solid #5EC6F3; }
.navmap-list-title-backend { color: #25D285; border-left: 4px solid #25D285; }

.rodapePrincipal-patrocinadores {
    margin-top: 30px;
    background: #F2F5F7;
    padding: 20px 0;
}

.rodapePrincipal-contatoForm {
    margin-top: 20px;
    text-align: center;
}

.rodapePrincipal-contatoForm label[for=email-contato] {
    font-weight: bold;
    font-size: 14px;
    color: #000;
    margin-bottom: 5px;
    display: block;
}

.rodapePrincipal-contatoForm-emailInput {
    border-top-left-radius: 5px;
    border-bottom-left-radius: 5px;
    padding: 10px;
}

.rodapePrincipal-contatoForm-submit {
    border-top-right-radius: 5px;
    border-bottom-right-radius: 5px;
    background-color: #4DBA7A;
    color: #FFF;
    cursor: pointer;

}

.rodapePrincipal-contatoForm-submit,
.rodapePrincipal-contatoForm-emailInput {
    outline: 0;
    border: 1px solid #4DBA7A;
    box-sizing: border-box;
    font-size: 16px;
}

.videoSobre {
    background-color: #5E9EDC;
    padding: 25px 0;

}

.videoSobre-video {
    max-width: 100%;
}

.videoSobre .container {
    color: #FFF;
}

.videoSobre-sobre-title {
    font-size: 1.2em;
    font-weight: bolder;
}

.videoSobre-sobre {
    font-size: 1.3em;
    line-height: 2;
}

.videoSobre-button {
    border-radius: 8px;
    background-color: #ec6e5a;
    display: block;
    color: #FFF;
    border: none;
    height: 50px;
    font-size: .8em;
    outline: none;
}

.rodapePrincipal-contatoForm-legend {
    margin-bottom: 10px;
}

Que bom que deu certo!

Bem, acredito que o problema não esteja no arquivo style.css, mas sim no flexbox.css.

Já que adicionar o display flex dentro da media query funcionou, pode ser que haja algum erro de digitação (é muito comum esquecer um ";" ou uma chave de vez em quando). O correto seria que este trecho

.cabecalhoPrincipal-nav {
    display: flex;
}

estivesse no início do flexbox.css (e fora da media query), da mesma maneira que o professor fez nessa aula.

Aqui está o ínicio do meu flexbox.css, caso você deseje testar:

.cabecalhoPrincipal .container {
    display: flex;
    align-items: center;
    justify-content: space-between;
}

.cabecalhoPrincipal-nav {
    display: flex;
}

.rodapePrincipal-navMap-list {
    display: flex;
    flex-direction: column;
    flex-wrap: wrap;
    height: 260px;
}

.rodapePrincipal-patrocinadores .container {
    display: flex;
    justify-content: space-between;
}

.rodapePrincipal-patrocinadores-list {
    display: flex;
    align-items: center;
    justify-content: space-around;
    width: 70%;
    margin-right: 5%;
}

.rodapePrincipal-contatoForm {
    width: 25%;
}

.rodapePrincipal-contatoForm-fieldset {
    display: flex;
}

.conteudoPrincipal-cursos {
    display: flex;
    flex-wrap: wrap;
}

.conteudoPrincipal-cursos-link {
    width: 23%;
    margin: 1%;
}

.conteudoPrincipal-cursos-link:nth-child(4n) {
    margin-right: 0;
}

.conteudoPrincipal-cursos-link:nth-child(4n + 1) {
    margin-left: 0;
}

.videoSobre .container {
    display: flex;
}

.videoSobre-sobre {
    text-align: center;
    display: flex;
    flex-direction: column;
    flex-grow: 2;
}

.videoSobre-sobre-list {
    flex-grow: 1;
}

.videoSobre-video {
    flex-grow: 1;
    flex-shrink: 2;
    margin: auto;
}

/* Parte mobile */

@media screen and (max-width: 768px) {