Boa Tarde,
No form da jsp o atributo action é igual a alteraConta, ou seja, quando você fizer o submit ele irá chamar a action alteraConta. Depois desse processo o próprio spring se encarregará de criar o objeto conforme o parâmetro passando na declaração do método "public String altera(Conta conta)", que nesse caso é o conta, agora para saber qual campo deve ser ligado com qual atributo dessa classe, um exemplo seria o próprio id que você passou, ele pega o nome do campo no jsp, nesse caso é um input com o nome id, e verifica se existe um id na Conta, porque lembre-se que você criou a action passando um parâmetro conta para o método. Se existir ele pega o valor do campo, que nesse caso é um input com o nome id, e atribui ao atributo id do objeto (conta). Mas isso tudo é feito automaticamente pelo spring.
Não sei se me expressei bem, mas talvez ajude.
Até