Vi outras pessoas com esse mesmo problema e resolvi rapidamente com uma resposta da professora em um dos tópicos, vou clarificar aqui para que os proximos tenham facilidade em resolver.
pegaArquivo('./arquivos/texto.md');
setInterval(() => pegaArquivo('./arquivos/'), 5000);
Use um setInterval para executar o segundo pegaArquivo, provavelmente a segunda chamada da função está queimando a largada quando chamada ao mesmo tempo e não permite que a primeira chamada retorne o conteudo de texto.md