É por causa de um erro de lógica meu amigo. Quando seu programa roda a primeira vez, tudo o que você codificou dentro da estrutura "for" não vai ser utilizado. Lembre-se que a condição para que o "for" seja executado é que a variável posicao seja menor que segredos.length. Quando você roda o programa pela primeira vez, posição vale 0, e segredos.length também vale 0, pois o array ainda está vazia, ela tem 0 posições. Logo, como 0 não é menor que 0, o "for" não é iniciado. Se nesse momento, o número gerado aleatoriamente for 0, o primeiro espaço da array segredos, será preenchido por 0, já que em nenhum momento do código, a variável "achou" recebeu o valor true. Troque a condição do for para <= (menor ou igual) e tente tirar o parseInt(), já que ele não é necessário.