duvidas com o module.export

Julio,

O express-load já carrega os módulos na aplicação pra você não precisar fazer o require. Mas o express-load automaticamente chama a função retornada pelo seu module.exports.

No seu último código:

module.exports = function() {
    this.lista = function (connection, callback){
        connection.query('select * from produtos', callback);
    }
    return this;
}

Você está exportando uma função. Quando esta função for executada, ela executará as operações que estiverem nela e retornará this. Neste caso, você não precisa chamar a função utilizando var produtosBanco = app.infra.produtosBanco(); simplesmente porque o express-load já chamou a função pra você, e você já tem o valor retornado em app.infra.produtosBanco.

Já no seu primeiro código, você se precaveste deste comportamento e fez uma gambiarra:

var mysql = require('mysql');

function configConnection() {

    return mysql.createConnection({
        host: "localhost",
        user: "root",
        password: "123",
        database: "casadocodigo_nodejs",
    });
}

// Seu módulo está exportando uma função.
// Ao ser chamada ela retorna outra função.
// O express-load fez o processo comentado acima.
module.exports = function () {
    return configConnection;
}

Agora você recebeu em app.infra.connectionFactory uma função. No caso, a configConnection, agora basta chamá-la para receber como retorno a sua connection:

var connection = app.infra.connectionFactory()