Oi, Pedro! Espero que esteja bem! :)
Então, essa é uma boa pergunta realmente! Tem duas versões do WSL! E logo de cara, já te digo, são versões com propósitos diferentes, logo, a Microsoft não pretende depreciar a versão do WSL1! Ok então, vamos a explicação!
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WSL
O tradicional WSL te permite rodar coisas do Linux (Vim, emacs, tmux, linguagens de programação, etc) — em geral, ferramentas do terminal, alguns aplicativos/pacotes, etc — dentro de um ambiente virtual, ou seja, a famosa VM (Virtual Machine), tendo ainda como base o Windows.
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WSL 2
O WSL 2 ainda segue na mesma linha do WSL, só que, a principal diferença entre um e outro é o Kernel completo e como ele funciona no Windows. Desde o WSL 1, o WSL 2 é capaz de usar 100% da compatibilidade com a chamada do sistema, possibilitando também o gerenciamento de containers/VM's. Ou seja, é realmente o Linux por completo dentro do Windows. Ainda parece meio confuso, mas acredite, o assunto depois disso é mais, entrando na parte do Windows rodar binários do Linux no formato ELF64.
Essa é uma tabela oficial da Microsoft comparando os recursos das versões:
Resumindo, mesmo que não encontre muita diferença, a arquitetura do WSL 2 supera a do WSL 1, seja com o desempenho dos arquivos, e até a possibilidade de ter um gerenciamento de pastas do próprio Linux no seu Windows.
Claro, há exceções para usar o WSL 1, mas no geral, use sempre o WSL 2, que já é versão padrão e estável do programa. Aqui pode encontrar as mais recentes features do WSL 2 que, claro, não tinha no WSL 1.
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Se quiser se inteirar mais sobre esse assunto, de como o WSL funciona e tudo mais, recomendo esse vídeo, e principalmente esse aqui, e, esse Alura+ para aprender a instalar. São ótimos conteúdos para entender melhor a diferença dos dois.
E é isso. Espero ter ajudado :D