Definir as variáveis no início do código

Boa tarde Fernanda, tudo certo?

Então, como vários aspectos da programação: depende. É difícil dizer se algo é "certo" ou "errado", pois isso depende de quais critérios você utiliza para avaliar um código. Eu vou listar algumas problemáticas que você pode encontrar, mas fica a seu critério analisar e com o tempo decidir se as consequências dessas práticas mais te ajudam ou te atrapalham. Então vamos lá:

Se você cria uma função e coloca as variáveis no topo dessa forma:

function desenhaX( posicaoEmX ){
    var qualquerCoisa;
    // resto da função
}

Provavelmente não vai ter nenhum problema, pois nesse exemplo a variável qualquerCoisa está dentro do escopo da função e assim que o programa sair da chamada da função a variável é deletada. Criar essa variável no topo da função ou na linha antes de utilizá-la é mais uma questão de preferência ou estética.

Mas se você escreve algo desse tipo:

var qualquerCoisa;

function desenhaX( posicaoEmX ){
    // resto da função
}

function desenhay( posicaoEmY ){
    // resto de uma função que também pode utilizar qualquerCoisa
}

Agora a variável qualquerCoisa está no escopo global, ou seja, qualquer outra função nesse código pode utilizar essa variável. Isso pode ser uma bênção ou maldição, pois é uma variável que você não precisa mais passar como parâmetro para outras funções pois ela já pode ser acessada de qualquer lugar, mas fica muito mais difícil de acompanhar o fluxo do programa e entender todas as alterações que estão sendo feitas à essa variável. Em grande parte dos projetos existe meio que um "combinado" de não se utilizar variáveis globais a menos que seja estritamente necessário, mas essa convenção pode ser quebrada sem problemas dependendo do código.

Então agora que você entende essas diferenças cabe a você decidir o que faz sentido nos seus códigos, lembrando que se você está em um projeto de programação com outras pessoas também é sempre interessante perguntar o que elas acham disso e tentar descobrir se já existe uma padronização no grupo de se utilizar ou não certos recursos.

Espero ter ajudado e bons estudos!