Criação de mods é um assunto bem complicado...
Vou tentar ser o mais abrangível o possível.
Para jogos que o desenvolvedor não opta por permitir ferramentas para mod:
na maioria dos casos, na maioria mesmo, os jogos já estão compilados com algum tipo de encriptação em forma de containers para proteger os arquivos do jogo, seja trilhas sonoras, SFX, models entre outras coisas. E dependendo do jogo para criarmos mods primeiramente você irá ter de se envolver com Assembly, no qual é bem complexo por ser código de máquina, mas irá te possibilitar a decodificação desses containers, assim como conversão dos formatos de um arquivo.
Com isso você poderá entender como o script do jogo funciona, encriptação, formato de arquivos... para aí sim poder codificar o que você quiser implementar ou modificar para o jogo.
Algumas vezes há pessoas que já fizeram isso, e fica bem mais fácil para criação de mods. Neste caso, na maioria das vezes isso envolve modelagem 3D e textura... Seja pelo Unity, Unreal Engine, Maya, 3Ds Max... vai depender da ferramenta que a pessoa desenvolveu para um determinado jogo ou engine.
Para jogos que o desenvolvedor OPTA em permitir ferramentas para mod:
Tudo se torna muito mais fácil, você irá ter tanto ferramentas dentro do própio jogo, como possibilidade de inserir arquivos de de alguma ferramenta popular no mercado. As ferramentas irão ser oficiais sem necessidade de esperar alguém ter que criar ou você mesmo fazer o trambite.
Aí vem um porém, a empresa quem vai decidir a liberdade que você irá ter com esta ferramenta. Algumas vezes ser bem pobre na questão do leque de opções.
Um bom exemplo disso, é só ir na steam e procurar algum jogo que tenha na STEAM WORKSHOP, lá você irá encontrar vários jogos que permitem mods e você pode fazer um mod popular legalmente sem poder ter problemas futuros com a empresa do game.
Respondendo suas ultimas perguntas
Quais jogos são interessantes para um iniciante criar mods?
Garry's Mod. Este jogo é feito para isso e recomendo bastante. Ele te dá acesso a todo o core do jogo.
Quais os que possuem a maior comunidade?
Minecraft, Counter-Strike Global Offensive e Garry's Mod.
É possível criar mods para jogos unity?
Sim, inclusive facilita por ser um engine conhecido com bastante documentação, ferramentas e que não tem uma grande complexidade com encriptação de dados.
E por fim, sites que recomendo e são sobre o tema:
http://romhackers.org/modules/news/
https://steamcommunity.com/workshop/