Como eu faço para colocar todo o texto exibido no meu navegador em destaque quando tenho uma variável sendo exibida? Quando tem a variável numeroPensado no meio do que será exibido, não sei como colocá-la em destaque na impressão no navegador.

Oi Carolina.

Nesse caso você poderia usar TAG: <b> (b = bold) que deixa o texto em negrito. Veja:

<meta charset="UTF-8">
<script>

    function pulaLinha() {

        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {

        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function sorteia(){
        return Math.round(Math.random() * 100);

    }

    var numeroPensado = sorteia();
    console.log(numeroPensado);

    var chute = parseInt(prompt("Já pensei. Qual você acha que é?"));

    if(chute == numeroPensado) {

        mostra("Uau! Você acertou, pois eu pensei no <b>" + numeroPensado + "!</b>");
    } 

    if(chute > numeroPensado){
        mostra("<h2>Você pensou num número maior que o meu!</h2> <br> Meu número pensado foi <b>" + numeroPensado + ".</b>");
    }

    if (chute < numeroPensado){
        mostra("<h2>Você pensou num número menor que o meu!</h2> <br> Meu número pensado foi <b>" + numeroPensado + ".</b>");
    }


</script>

Resultado: