Não gostei da organização, pra mim deixou muito mais desorganizado e deixou o código poluído! Além de ter bagunçado o meu código quando criei a pasta menu.

Você está vendo a versão anterior da nova experiência da Alura que estamos preparando para você. Em breve, ela ganha uma identidade visual novinha totalmente pensada em potencializar seus estudos!
Não gostei da organização, pra mim deixou muito mais desorganizado e deixou o código poluído! Além de ter bagunçado o meu código quando criei a pasta menu.

Olá, as vezes no início gera-se essa estranheza mas o objetivo principal disso é ajudar a outras pessoas entenderem o código e em futuras manutenções. Entendo que há 2 práticas a serem consideradas:
A forma como foi importado para o HTML tem várias maneiras,
Por último, essas práticas acima são bem importantes caso no futuro você queira migrar para frameworks como REACTJs. Lá, esse tema de componentização é imprescindível.
espero ter ajudado.
Provavelmente na hora de mover e importar para a pasta você esqueceu de algo, talvez até a própria referência do link.
Lembrando que o cabeçalho fica fora da pasta:
<link rel="stylesheet" href="./assets/css/cabecalho.css">e o Menu que deve ser mudado o link para a pasta menu:
<link rel="stylesheet" href="./assets/css/menu/menu-item.css">
<link rel="stylesheet" href="./assets/css/menu/menu-link.css">
<link rel="stylesheet" href="./assets/css/menu/menu-lista.css">