Arquitetura de uma app

Boa tarde, Estou desenvolvendo uma app com MEAN, muito embora esteja fazendo o meu server (somente API's) totalmente separado (em projetos diferentes) do client (Angular). No entanto, estou com uma dúvida. Tenho os seguintes diretórios no meu server: app/config/express.js - > Configurações do Express app/controllers -> Aqui defino a minhas controllers app/infra -> Conexão com o MongoDB app/models -> Definição dos Schemas app/route -> Definição das Rotas No curso, é utilizado a abordagem que o diretório api fica responsável pela lógica de requisições da app. Creio que seria algo parecido com o diretório controllers que utilizo na minha abordagem. No entanto, tenho algumas dúvidas em qual abordagem devo seguir. Veja alguns exemplos de códigos que utilizo no meu contexto: app/controllers/usuario.js

var Usuario = require('../models/usuario');
...
exports.save = function(usuario, callback){
        var usuario = new Usuario(usuario);
        usuario.save(function(err, data){
            if(err){
                callback('Não foi possível adicionar o usuário');
            }else{
                callback(null, data);
            }
        });
    }

app/models/usuario.js :

var mongoose = require('mongoose');

var UsuarioSchema = new Schema({

    nome: {
        type: String,
        unique: true,
        required: true
    },
    senha: {
        type: String,
        required: true
    },
    email: {
        type: String,
        required: true
    }
});
module.exports = mongoose.model('Usuario', UsuarioSchema);

app/routes/usuario.js :

var cors = require('cors');
module.exports = function(app){

    app.use(cors());

    var usuarioController = app.controllers.usuario;

    app.post('/usuario/cadastra', function(req, res){
        if(!req.body.nome || !req.body.senha){
            res.json('Por favor informe um usuário e uma senha');
        }
        else{
            var usuario = req.body;
            usuarioController.save(usuario, function(err, resp){
                if(err) return res.status(500).send(err);
                res.status(200).json(resp);
            });
        }
    });
...
}

Utilizando dessa forma? Eu consigo melhor separar as coisas? Em questão de manutenção do código, é legal fazer dessa forma? Desempenho?