Oi Humberto tudo bom?
Geralmente não precisamos persistir a mesma entidade em Bancos diferentes, por isso acabamos mantendo somente daquele que será utilizado.
Outro ponto é que não tem um suporte automático do Hibernate que deixe sua aplicação totalmente portável entre SGBDs.
Uma alternativa se você realmente precisar é criar um gerador customizado utilizando as anotações:
@GenericGenerator(name = "aliasParaOGerador", strategy = "pacote.nomeDaClasseResponsavelPelaGeracao")
@GeneratedValue(generator = "aliasParaOGerador")
A classe que você criar deve implementar a interface IdentifierGenerator
.
Abraço!