Oi Vinicius,
Tenho a leve impressão que você tem preferência pelo XML por conta da separação de responsabilidades, mas isso acaba sendo uma questão de gosto pessoal ou você enxerga algum padrão no mercado entre a adoção das Annotations ou XML?
Geralmente em exemplos na internet vejo com frequência entidades sendo mapeadas com as annotations, mas talvez isso seja apenas por conta da simplicidade dos exemplos.