Você pode usar jQuery com Angular, contanto que seja apenas em diretivas e jamais dentro de um controller. Qual o motivo disso? Um controller é altamente testavel em uma aplicação Angular porque ele não manipula DOM (isso se você tem interesse na parte de testes).
Se você usar jQuery dentro de um controller, estará interagindo com o DOM e amarrando seu controller tornando-o difícil de testar.
É tipo assim, tudo o que a equipe do Angular fez para evitar que você tenha que manipular DOM você estaria jogando no lixo.
Porém, usar jQuery em diretivas é completamente viável, pois este é o local onde há uma licença poética para manipulação de DOM. Teste de diretivas são diferentes de testes de controllers, cada um fica isolado.
Um fato curioso Bruno, é que o Angular já vem um "mini" jQuery embutido nele para você usar em suas diretivas. É o jQLite, porém ele não tem tudo que o jQuery suporta. Se você carregar o jQuery antes do Angular, o Angular deixa de usar o jqLite e passa a usar o jQuery.
O ideal é você tentar se virar apenas com o jqLite, porque adicionar o jQuery aumentará o peso de suas páginas no primeiro carregamento.
Consegui tirar sua dúvida?
Sucesso e bom estudo Bruno!