As duas formas são reconhecidas pela nossa língua, conforme pode ser verificado no VOLP. A reforma ortográfica de 1971, foi basicamente sobre acentuação gráfica. Do tempo onde farmácia ainda era escrito com PH, tínhamos istória, estória, história e hestória. Afinal, escrevíamos conforme falávamos e é normal ter essas distorções. Apenas com a fundação da Academia Brasileira de Letras em 1897, copiando a francesa, foi que tivemos um órgão responsável pela unificação da nossa escrita. Não me recordo qual foi o responsável, mas ele reconheceu a palavra estória porque queria a mesma distinção que há em inglês. Mas isso nunca pegou. Na reforma ortográfica de 1943, a ABL recomendou o uso de história para qualquer situação, embora as duas formas ainda existam.
