Olá João.
Olhando a documentação, vemos que a ordem é com os parâmetros x e y antes:
seaborn.boxplot(x=None, y=None, hue=None, data=None, order=None, hue_order=None, orient=None, color=None, palette=None, saturation=0.75, width=0.8, dodge=True, fliersize=5, linewidth=None, whis=1.5, ax=None, **kwargs)
Mas já que estamos passando o nome do parâmetro junto, a ordem não é tão importante:
sns.boxplot(data = notas.query("filmeId in [1,2]") , x='filmeId' , y='nota')
OBS: Mas caso não inclua o nome do parâmetro junto, a ordem dos parâmetros vai ser necessária:
sns.boxplot('filmeId' , 'nota', None, notas.query("filmeId in [1,2]"))
Na minha opinião já que isso não está dificultando o entendimento do que o código está fazendo, não é um problema fazer essa inversão.
Bons Estudos.