Seria algo assim:
public interface GenericRepository<T extends GenericEntity> extends JpaRepository<T, Long> {
}
E para injetar:
@Autowired
private GenericRepository<Medico> medicoRepository;
@Autowired
private GenericRepository<Paciente> pacienteRepository;
Só não testei para ver se funciona em todas as situações.
Mas eu não vejo isso com uma boa ideia, pois nos projetos os repositories dificilmente ficarão vazios, pois sempre vai surgir a necessidade de se criar métodos que são específicos de uma entidade, sendo geralmente métodos de consultas, necessitando assim de se criar um repositoy específico, pois geralmente é complexo, ou até impossível, de se criar um método específico na interface genérica.