Solucionado
Professor, depois de terminar o curso eu pensei o seguinte, o ideal mesmo em um projeto que está começando é usar o hibernate e jpa se você for o único a mexer no banco de dados. Se caso você pega um projeto no meio do caminho e já existe o banco pronto e um responsável pelo banco no máximo você vai usar os selects, pelo menos é o que eu penso, estou certo?
Oi Roberto,
A recomendação geral é de sempre que possível utilizar a JPA, por conta dos benefícios que ela traz a uma aplicação Java, como menor verbosidade e menor acoplamento com o banco de dados. Independente se a aplicação é nova e de número de pessoas no time.
Uma possível justificativa para não utilizar, que é bem comum de se encontrar em discussões, é por motivos de performance. Muitos defendem que para aplicações que precisam muuuuito de performance o ideal é utilizar o JDBC diretamente.
Em parte isso faz sentido, pois querendo ou não a JPA acaba sendo uma camada em cima do JDBC e isso gera um custo a mais em performance, mas existem diversos recursos para lidar com performance na JPA, como cache de 1º e 2º níveis. No geral quando uma aplicação com JPA tem problemas de performance é mais por conta do time não ter seguido boas práticas em queries mesmo :D