Olá Hélio, tudo bem?
Veja algumas vantagens em se usar as tags do ionic, como por exemplo, no caso do footer que vc mencionou, ele mesmo já cria o componente para você (que no final das contas, vira HTML) e com isso, ele oferece alguns atributos específicos, que no caso do footer ele tem o align-title que alinha o titulo do ropadé para você. Olha aqui a documentação do componente footer (http://ionicframework.com/docs/api/directive/ionFooterBar/)
Você consegue fazer sem? Sim, como você falou, você poderia fazer tudo com HTML, CSS e JS do jeito que você quiser, porém ele está lhe oferecendo mais essa opção.
Outra vantagem legal, é que usando as tags dele, ele vai customizar o componente de acordo com a plataforma que ele está rodando. Não sei se você já chegou nessa parte do curso, mas a gente coloca um botão de voltar entre as telas usando o ion-nav-back-button. Com essa tag ele mesmo personaliza o botão pra gente: No IOS ele coloca de uma maneira e no Android de outra.
(http://ionicframework.com/docs/api/directive/ionNavBackButton/)