Olá, José
Embora o List e o MutableList possam ser utilizados para diversas situações, é importante considerar o contexto e a necessidade específica do seu código. 
O List é uma coleção imutável, ou seja, uma vez criada, não é possível adicionar, remover ou modificar seus elementos. Já o MutableList permite realizar essas operações. 
Se você precisa de uma coleção que não sofra alterações após a criação, o List é uma boa escolha. Por outro lado, se você precisa de uma coleção que possa ser modificada ao longo do tempo, o MutableList é mais adequado. 
Quanto ao encapsulamento, é sempre uma boa prática proteger seus dados e garantir que apenas as partes relevantes do código tenham acesso a eles. Portanto, é importante tomar cuidado ao utilizar qualquer tipo de coleção e garantir que o encapsulamento seja respeitado. 
Lembrando que, em Kotlin, também temos o Set e o Map, que possuem características específicas e podem ser mais adequados dependendo da situação. 
Por exemplo, se você precisa armazenar elementos únicos, sem repetição, o Set é a escolha certa. Já o Map é utilizado para armazenar pares de chave-valor, onde cada chave é única. 
Em resumo, a escolha entre List, MutableList, Set e Map depende das necessidades do seu código e do contexto em que você está trabalhando. Avalie as características de cada um e utilize a opção mais adequada para cada caso. 
Espero ter ajudado e bons estudos!