Oi Eduardo, tudo bem?
Uma das alternativas é utilizar JSON Web Tokens (JWT) para garantir um acesso seguro a APIs REST. Veja por exemplo este artigo do Renato Groffe no Medium:
https://medium.com/@renato.groffe/asp-net-core-2-0-jwt-identity-core-na-autentica%C3%A7%C3%A3o-de-apis-e2a6fab07421
Outra opção seria usar o IdentityServer4 para conferir a identidade do usuário que realiza a requisição e verificar se ele possui as credenciais para acessar a filial dele. Confira este artigo do Manacés Pereira no medium:
https://medium.com/@manacespereira/autentica%C3%A7%C3%A3o-com-aspnet-core-2-0-e-identityserver4-1992796a99ed
Note que essas soluções são extensas, por isso não postamos aqui. Por favor veja qual solução é mais adequada para o seu caso. Qualquer dúvida, estamos à disposição.